iOS 9 最新的 Beta 3 版本更新項目已經釋出，主要帶來了四大更新，雖然主要更新項目不多，但是整體而言讓 iOS 9 的功能完整性更加提升。四大主要更新在於：iPad 資料夾的擴大、Apple Music、Apple News、以及雙因素驗證等功能。
iPad 資料夾擴充
由於 iPad 螢幕設計相對比較大，因此針對 iPad 的資料夾配置也在這次的更新中獲得改良，讓 iPad 的資料夾能從以往的一頁 3 x 3 共 9 個 App，提升為一頁 4 x 4 共 16 個 App，擴充幅度相當大，也大幅提升便利性。
以 iPad 螢幕顯示而言，在 Home 畫面觀看顯示 4 x 4 個 App 的資料夾，看得很清楚，但在 iPad mini 上顯示就略小；點開資料夾來看，4 x 4 個 App 的佈局，視覺感受相當緊湊，但就不若以往太寬鬆所造成的空曠感。
Apple Music
在 iOS 8.4 中，許多國家已經完整啟用了 Apple Music 的功能（台灣未包括在內），然而，作為先行開發者版的 iOS 9 卻一直要等到這次的 iOS 9 Beta 3 才加入了 Apple Music 的功能；iOS 9 Beta 3 更新後，會看到原本橘紅色的音樂圖標，被改為白底多彩音符的新標示，象徵全新的 Apple Music 已經搭載。
而 Apple Music 在設定上，現在還多了「以行動網路播放高品質音樂」的功能，在沒有 WiFi 的環境也可以聆聽高音質音樂。
Apple News
這次 WWDC 2015 上發表的最新應用 Apple News，重新改寫 RSS 訂閱功能，並且讓使用者可以自訂想要訂閱的媒體來源與類型，確保資訊接收不間斷。
目前這項功能僅美國開放，國內要使用這項功能可能還要稍待一些時日。
雙因素認證功能
在 iOS 9 Beta 3 中，針對安全性做出了更大的更新項目。雙因素認證與現在的雙步驟認證的不同在於雙因素認證需要第二台設備進行認證，只要是運行 iOS 9 以及 Mac OS X El Capitan 的裝置，在成功驗證後，會自動視為可信任裝置。
只要開通了雙因素認證後，往後在 iTunes 進行購買時，除了輸入 Apple ID 與密碼外，還需要第二台設備進行六碼隨機密碼的驗證，此時，作為可信任裝置的機子，會收到一組六位數密碼，正確完整輸入後就可以完成驗證。
其他
其他細微的更新還包括：相機目前無法使用音量鍵進行拍照、設定中的電池圖標非圓角矩形、電池設定右側多了時鐘圖示，可觀看單位時間最耗電的 App。